# File mapk_pathway.ode
# model of MAPK signalling pathway
# from Kholodenkho (2000) Euro. J. Biochem. 267 pp 1583-1588
# problem 6.8.8

#parameters
par KA=0
par KI=0
 
par V1=2.5
par KM1=10
par V2=0.25
par KM2=8
par kcat3=0.025
par KM3=15
par kcat4=0.025
par KM4=15
par V5=0.75
par KM5=15
par V6=0.75
par KM6=15
par kcat7=0.025
par KM7=15
par kcat8=0.025
par KM8=15
par V9=0.5
par KM9=15
par V10=0.5
par KM10=15


#dynamics
MKKK'=V2*MKKKP/(KM2+MKKKP)-V1*MKKK*(1+KA*MKPP)/((1+(KI*MKPP))*(KM1 + MKKK))
MKKKP'=V1*MKKK*(1+KA*MKPP)/((1+(KI*MKPP))*(KM1 + MKKK))-V2*MKKKP/(KM2+MKKKP)
MKK'=V6*MKKP/(KM6+MKKP)-kcat3*MKKKP*MKK/(KM3+MKK)
MKKP'=kcat3*MKKKP*MKK/(KM3+MKK)+V5*MKKPP/(KM5+MKKPP)-kcat4*MKKKP*MKKP/(KM4+MKKP)-V6*MKKP/(KM6+MKKP)
MKKPP'=kcat4*MKKKP*MKKP/(KM4+MKKP)-V5*MKKPP/(KM5+MKKPP)
MK'=V10*MKP/(KM10+MKP)-kcat7*MKKPP*MK/(KM7+MK)
MKP'=kcat7*MKKPP*MK/(KM7+MK)+V9*MKPP/(KM9+MKPP)-kcat8*MKKPP*MKP/(KM8+MKP)-V10*MKP/(KM10+MKP)
MKPP'=kcat8*MKKPP*MKP/(KM8+MKP)-V9*MKPP/(KM9+MKPP)


# initial condition
init MKKK=100, MKKKP=0, MKK=300, MKKP=0, MKKPP=0, MK=300, MKP=0, MKPP=0
# final time
@ total=1000
@ maxstor=100000
@ dt=0.05
# set the plotting window size:
@ xlo=0, xhi=120, ylo=0, yhi=2.5

# run the simulation in the GUI by selecting (I)nitialconds|(G)o
# plot other species by selecting (G)raphic stuff|(A)dd curve and 
# assigning the y-axis

done