# File chemotaxis.ode
# Model of E. coli chemotaxis signalling pathway 
# Figure 6.14

#kinetic parameters
par k1=200
par k2=1
par k3=1 
par km1=1
par km2=1
par km3=1 
par k5=0.05
par km5=0.005
par k4=1
par km4=1
par KMM1=1
par KMM2=1
#concentration totals
par cheR=1

#set time-varying profile for ligand level
L=20+20*heav(t-10.001)+40*heav(t-30.001)

#dynamics
Am'=km1*cheR - (k1*BP*Am)/(KMM1 + Am) - k3*Am*L + km3*AmL
AmL'=km2*cheR - (k2*BP*AmL)/(KMM2 + AmL) + k3*Am*L - km3*AmL
A'=-km1*cheR + (k1*BP*Am)/(KMM1 + Am) - k4*A*L + km4*AL
AL'=-km2*cheR + (k2*BP*AmL)/(KMM2 + AmL) + k4*A*L - km4*AL
B'=-(k5*Am*B) +  (km5*BP)
BP'=(k5*Am*B) -  (km5*BP)

# initial condition
init Am=0.0360, AmL=1.5593, A=0.0595, Am=0.3504, B=0.7356, BP=0.2644

# final time
@ total=50
@ maxstor=100000
@ dt=0.005
# set the plotting window size:
@ xlo=0, xhi=50, ylo=0.01, yhi=0.04

# run the simulation in the GUI by selecting (I)nitialconds|(G)o
# plot other species by selecting (G)raphic stuff|(A)dd curve and 
# assigning the y-axis

done