# File camp_signaling.ode
# model of cAMP signaling pathway in Dictyostelium
# described in Maeda et al (2004) Science 304 pp. 875-878. 
# problem 6.8.15

#parameters
par k1=2.0
par k2=0.9
par k3=2.5
par k4=1.5
par k5=0.6
par k6=0.8
par k7=1.0
par k8=1.3
par k9=0.3
par k10=0.8
par k11=0.7
par k12=4.9
par k13=23.0
par k14=4.5


#dynamics
ACA'=k1*CAR1-k2*ACA*PKA
PKA'=k3*CAMPi-k4*PKA
ERK2'=k5*CAR1-k6*ERK2*PKA
REGA'=k7-k8*REGA*ERK2
CAMPi'=k9*ACA-k10*REGA*CAMPi
CAMPe'=k11*ACA-k12*CAMPe
CAR1'=k13*CAMPe-k14*CAR1


# initial condition
init ACA=1, PKA=1, ERK2=1, REGA=1, CAMPi=1, CAMPe=1, CAR1=1


# final time
@ total=100
@ maxstor=100000
@ dt=0.05
# set the plotting window size:
@ xlo=0, xhi=120, ylo=0, yhi=2.5

# run the simulation in the GUI by selecting (I)nitialconds|(G)o
# plot other species by selecting (G)raphic stuff|(A)dd curve and 
# assigning the y-axis

done